蛋白質是具有一定結構特征的絡合、聚合物分子，是食品的基本成分，它的結構特征影響與破乳劑的相互作用的結合程度有關。蛋白質中的肽鍵不能與破乳劑發生作用，而固定在多肽鏈上的氨基酸側鏈能與破乳劑作用。結合方式與側鏈的極性、破乳劑的種類以及是否帶有電荷和體系的PH值等有關。
在有水存在的條件下，非極性蛋白質側鏈基團與破乳劑的烴鏈相互作用形成疏水結合。溶劑水經非極性氨基酸相互排斥是產生疏水結合的基礎，疏水結合中破乳劑烴鏈固定于蛋白質上，而極性基結合在粒子表面，形成脂肪。
極性側鏈不帶電荷的蛋白質與破乳劑的親水分子部分以氫鏈發生作用，此時破乳劑的烴鏈結合在粒子表面。側鏈帶電荷的蛋白質與帶相反電荷的破乳劑產生靜電相互作用，帶正電荷的氨基酸側鏈與帶負電荷的破乳劑相互作用的方式在生物體系較為常見。
破乳劑與蛋白質相互作用形成的化合物屬于脂肪，不同的脂肪及作用條件對結合程度影響很大。
