制藥廠的污染不亞于印染行業，其水質比較復雜，污水中含有有毒有害難以降解的有機物質。如果說直接排放的話，將直接影響環境。制藥廠廢水的水質一般應設調節池，調節水質水量以及pH，然后再選用破乳劑脫水破乳，且根據實際情況處理，以降低水中的SS、鹽度及部分COD，減少廢水中的生物抑制性物質，并提高廢水的可降解性，以利于廢水的后續生化處理。
制藥廢水分為生物制藥廢水和化學制藥廢水。生物制藥廢水的特點是高濃度的有機物，COD,BOD值波動較大，廢水的BOD/COD值差異大，NH3-N濃度高，色度深，濃度大，ss高。化學制藥廢水的特點是COD高，含鹽量高PH值變化大，廢水中成分單一不利于微生物成長，含有有毒及不易降解的物質。制藥廢水的成分過于復雜，其處理方法很多種，首先要弄清楚，制藥廠主要制取的什么藥品，制藥工藝是什么。
制藥廠之所以選擇破乳劑，是因為破乳劑能夠有效的將水中的雜質進行分層處理，利用藥劑的某些特性來破壞雙電層結構，來穩定乳化體系，從而達到兩相分離的目的，形成很好的抱團效果，配合后期的污泥脫水機進行污泥脫水，特別適用于城市污水、城市污泥、造紙污泥及其它工業污泥的脫水處理。
